Les protestants se reconnaissent comme l’un des visages du corps du Christ, l’Église.
Étant l’une des branches du christianisme, qui est pluriel depuis les origines, les protestants sont naturellement en relation avec les autres confessions (ou branches) de cette religion, c’est l’oecuménisme. Des rendez-vous traditionnels marquent l’année oecuménique lors des grandes fêtes : semaine de prière pour l’unité des chrétiens (18-25 janvier), Vendredi saint et Pâques, parfois sur la place publique, parfois dans les lieux de culte chrétiens, en alternance.
Depuis quelques décennies, le dialogue inter-religieux occupe une place importante dans les relations entre confessions.
L’Amitié judéo-chrétienne comporte une antenne locale à Besançon et propose, à travers des conférences, une meilleure connaissance et un dialogue paisible et constructif.
De plus, des visites des lieux de cultes chrétiens, israélite et musulmans sont organisées par le rectorat de l’académie afin que les collégiens bénéficient de connaissances rudimentaires sur ces religions.